自動車ローンは返済した方がいいですか？

はい。最終的には。

でも、あわてて返済しないでくださいね。
住宅ローンの審査が通ってからで十分ですから。
お手持ちの資金はなるべく温存しておきましょう。

年収と借入額の関係によっては、・・・返済負担率が低ければ、ということですが、
自動車ローンを残したまま住宅ローンを組むことも可能ですよ。